到了晚上党的执行委员们聚集于吴川的小楼开会前，蔡文信和张云荣终于拿到了稍微确切一些的消息。耿谨文是在参加南京市民庆贺北伐初步胜利的活动时受到的袭击，两名刺客朝他开了三枪，一枪打中了右胸，一枪打中了右肩，还有一枪击中了他身后的随员。
耿谨文当即被送往了南京陆军医院，虽然得到了医生的抢救但尚未脱离危险。这两名刺客当即被随行的卫士所击毙，此外还击伤抓住了一名尚未来得及出手的刺客，被送往了江苏都督府负责的监狱看押。
虽然耿谨文被刺杀一事让执行委员们都感到了愤怒，不过有人还是很快的冷静了下来问道：“耿谨文不仅仅是我们派往南方的代表，他还是联省人民委员会的议长，他遇刺之后会将由谁来接任他的议长职位？光复会和湖北革命党人还会不会继续支持我们？”
一直关注着南方情况的蔡文信在吴川的点头下，向着委员们谨慎的汇报道：“根据情报处的分析，接任议长职位最大可能的，应当是三位副议长之一，王正廷、谭人凤、汤尔和。分别是湖北革命党人、同盟会会员和地方民意代表，不过我们认为谭人凤当选的可能性最大。
光复会的力量大多在军中，湖北革命党人此时也正关注于北伐，恐怕不能给我们以太多的帮助。新任江苏都督的徐绍桢正在江北办理北伐军的后勤事务，南京城内说了算的只有临时政府，没有一个主事者出头，恐怕很难让这些人团结在一起。
说到底，终究是这次北伐实施的过于仓促了，打乱了我们提出的稳固后方，再行北伐的计划。不管是肃反还是整军，都没有取得较好的效果就被打断了。”
有委员已经迫不及待的问道：“那么姜文卿呢？作为耿谨文的副手，这个时候他不应该站出来主持南京的局面吗？”
吴川接过了问题回答道：“姜文卿前往武汉处理汉阳铁厂股权整理和复工一事去了，当下并不在南京。等他返回，恐怕南京这边已经是尘埃落定了。”
有委员终于愤愤不平的说道：“这还有什么好查的，必然是同盟会那班人干的，我们为了革命大局支持了孙当上临时大总统，结果他们反过来就要铲除异己，想要独掌大权了。”
“对，我也是这么看的。我们应当通电谴责同盟会，把暗杀的手段用在革命同志身上，他们也不是第一次了，陶骏保的墓碑都没刻好呢，他们就对我们也来这么一手，他们也配领导革命？”
虽然有这么一两位委员怒不可遏，但大多数委员还是保持着冷静的，捷尔任斯基就出声劝说道：“同志们，请冷静一些。发泄愤怒对于南京方面毫无作用，他们完全可以把罪责推给清政府和那些被肃反的反革命分子身上，我认为现在最要紧的是保护住那位被抓刺客的性命，不能让他被人灭口。”
ｍ．ｖｉｐｋａｎｓｈｕ．
吴川点了点头道：“我赞成捷尔任斯基同志的意见。蔡文信同志，你立刻给南京那边发电，看看能否和徐绍桢联系上，让他派人保护被看管起来的刺客，最好由我们组织人员进行审问，至少也得在审讯组中安排一个我们的人…”
随着蔡文信和张云荣的离开，吴川于是又对着委员们说道：“追查幕后主使人的事固然重要，不过我们当前最要紧的，还是应该讨论一下，如何对付耿谨文被刺之后的变局。
如果耿谨文被刺的主使者真的是同盟会的话，那么这肯定不是结束，因为刺杀一个耿谨文根本没有意义，只要革命委员会还在，我们就能派去第二位同志。所以我们将要面对的是，我们和同盟会之间的革命联合彻底破裂的局面。”
吴川的话语令房间内的委员们都安静了下来，不过很快就有人打破了沉默，宋云桐起身向着众委员说道：“我认为吴主席的猜测是正确的，同盟会既然已经获得了临时政府的主导权力，自然不会希望还有一个联省人民代表大会压制着自己。
更何况，前几日耿谨文同志就已经汇报过，临时政府认为当前的联省人民代表大会各代表大多为各省都督府所指定，缺乏人民代表的公认性，因此一直主张令各省重新推选三名代表，以建立正式的参议院。耿谨文同志自然是极力反对这种无理的要求，认为各省不足代表人数的可以补足人选，但没有必要解散当前的联省人民代表大会，建立什么参议院。
眼下耿谨文同志遇刺，恐怕我们已经很难阻挡同盟会改组联省人民代表大会的主张了。而南方的北伐战事也进行的相当顺利，北洋诸将已经开始转向支持清室退位了。
从目前的时局来看，南方革命党人对于我们的支持已经不如之前那么的需要了，因此同盟会针对我们的行动会不断提升，毕竟在打倒了清廷之后，我们就成为了同盟会最大的政治对手。”
有委员当即就说道：“宋委员的意思我能够理解，但是同盟会现在毕竟是名义上的革命派盟主，如果我们没有真凭实据就攻击他们的话，恐怕各省革命者反而会认为这是我们的不是了。”
宋云桐点了点头后说道：“确实如此，所以我们要打倒同盟会的第一步，就是把他们从革命盟主的位置上赶下来。既然北洋军政集团的政治倾向已经发生了变化，我认为支持南北议和的时机已经成熟。为了减少流血，尽快缔造和平，我们应当支持北洋军政集团和清室的分离，以和平手段促使满清退位，然后撤销临时政府，重新推选新政府…”
如果说上一次吴川还能以坚持革命到底的原则，来维持革命委员会和南方革命各派系之间的联合关系，那么这一次他也难以对抗如此高度一致意见的委员们了，而且他也想不出有什么理由为了同盟会去说服这些委员们。
虽然他在党内已经竖立起了威望，但是这种威望是建立在他能够带着大家一次又一次赢得胜利的基础上的，如果他的决定不能为党带来利益，那么这种威望是用一次就少一次。更何况，采用刺杀一事来解决政治斗争，这无疑已经打破了吴川的底线，这意味着今后和某些党派如果无法取得共识，就有可能被肉体消灭，谁能和这样的党派进行合作？
在一番紧张的讨论之后，吴川接受了各位委员所认同的主张，表示将派遣人员前往北京和袁世凯进行沟通。在吴川的建议下，关肖权和吴景濂作为了革命委员会的代表。
第二日从南京传回的消息，被抓的那名刺客于昨晚在狱中暴毙，这令革命委员会的委员们大为震惊，就在委员们讨论如何让南京给出一个合理的交代时，关内的战场上又出现了剧烈的变化。
两湖的北洋军在北伐军的进攻下不得不退回了河南，而江苏这边的张勋在1月29日晚偷袭北伐军被击退后，双方于2月2日再次爆发大战，张勋再次败退。
听闻这些前线不利消息之后，隆裕太后于2月2日召开御前会议，正式讨论退位问题。各方请求清帝退位的联名也增加到50人。2月3日，隆裕授予袁世凯全权，与南京临时政府商定清朝皇帝退位条件。
同盟会于同日正式给革命委员会以通报，认为刺杀耿谨文的凶手是整军后被淘汰的官兵，刺杀纯属三人的泄愤之举，并无背后主使之人。同日接任联省人民代表会议议长的谭人凤宣布解散联省人民代表会议，组建由各省推选代表组成的临时参议院，以讨论南北议和问题。
2月5日南京参议院组成，同日革命委员会正式通电全国，在清室退位的基础上和平建立共和国。这一通电获得了湖北军政府、南方立宪派士绅和同盟会以汪精卫为首的成员的支持，北伐各部队开始有停止不前的现象。
2月6日，湖北方向的军队完全停下了进攻。虽然姚雨平的第四军于2月4日在宿州再次击败得到了援军的张勋部，但是孤掌难鸣的他也不得不停留在了宿州。6日晚临时政府被迫下达了停战命令，预备和北方议和。
而被第四军击退的张勋退到徐州后，也立刻向北京发表声明，表示自己赞成共和。这就意味着北方再无一只部队肯为清室流血了，北京的满人权贵开始纷纷出京前往天津租界，袁世凯终于完全取得了北方的控制权。
去掉了满人的掣肘，又和革命委员会达成协议的袁世凯，迅速调动起了手中的部队防守住了黄河一线。在此种状况下临时政府继续北伐至京城已经失去时机，且张謇为首的立宪派压住了答应给与临时政府的后续军费款项，迫使临时政府不得不全面转向和平。
2月10日，新组建不久的南京参议院匆忙通过《清室优待条件》和张謇起草的《清帝退位诏书》。因为革命委员会的抗议，除对皇室年四百万拨款降低到了两百万元之外，其他条件并无修改。
只是清室退位虽然明确无误了，可是这临时大总统究竟是延续还是重选就出现了一个新的矛盾。根据最初的南北议和，只要袁世凯承认共和推翻满清，同盟会就支持他担任首任总统。只是因为革命委员会横插了一杠子，破坏了南北议和不说，还推动了南方革命党人的联盟，打压了南方的立宪派势力。
这就使得现在的北洋看起来并不如之前那么的强大，而同盟会在南方各省的力量也较之前稳固的多，于是宋教仁、陈其美等人认为不应当让出总统之位。可黄兴、汪精卫这些人却认为，革命的目的就是为了共和，既然目的已经达到，为什么还要同袁世凯争这个位置，岂不是让世人以为同盟会起义只是为了自己的私利？
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