商毅回到光州之后，城中又是一遍欢腾。商毅下令一面派人去打探闯军的动静，一面在城中休兵，同时又派人向庐州的吴甡报捷。
而谢科和彭瑞得知商家军又一次打败了流寇，而且战果比上一次更大之后，悔得连肠子都青了。要是早知道是这样，自己当时干嘛要逃呢！就该和商毅一起出兵，到罗川口去迎战贼军啊。也能分到一份功劳。
现在弄得到好，虽然在名议上，自己是跟着商毅一起出兵来攻取光州，结果商毅连打了两次胜仗，都不关自己的事。简直就是到手的功劳，自己却又一手给推了出去。而且还把商毅给得罪了，因为两次自己都畏战不前，让商家军独自顶在前面。商毅肯定会对自己有意见。
弄到了现在这一步，两人也觉得没有脸再去见商毅了，因此只是把人马又都拉回来，扎在光州城边，却不敢进城去。同时两个人也在心里赌咒发誓，下一仗不管怎么样，也要跟着商毅出战。那怕就是李自成带着百万大军来了，只要是商毅说打，那就跟着去打。
商毅当然不管两人现在是怎么想的。他们不敢来见自己。也乐得轻闲。反正这一仗自已又打胜了，而且这两人还有临阵脱逃的罪名，现在所有的道理都在自已这一边，就算是自己杀了这两个人，吴甡只怕还会拍手叫好，决不会怪罪自己。
事实上现在商毅正在为另外一件事情头疼，那就是战虏怎么处理。
在开战之前，商毅对各种结果都想到了，但却偏偏忘了一点，抓到战虏怎么办？闯军的战斗意志比起清军来可要差得多，清军在不利的情况下，就算明知不敌，还会咬牙苦战，只到战死为止，极少有主动投降的。因此商毅和清军打了十几战，才抓到不到一千名俘虏，而且其中大部份都是汉军或包衣，真正的八旗战兵，那怕是辅兵，一共也不到两百人。到北京去向崇祯献俘的时候，还挑了一二十个包衣凑数。
而闯军就不同，一但不敌，就立刻溃败，跑脱不了，就会立刻举手投降。现在才打了三仗，商毅就抓到了两千多俘虏。这样的军队，也就仗着人多势众，打一打腐朽的明军还可以，一但碰上真正的精锐人马，跟本就不是对手了。怪不得后来在一片石的激战中，李自成的二十万闯军还干不过清军和吴三桂不到十万的联军。
但这是后来的问题，现在抓住的俘虏怎么办？虽然目前的粮草还算充足，足够支持一个月以上，但只要继续和李自成开战，俘虏只会越来越多，这个包袱也只会越背越大。以后就是抓到了万儿八千的俘虏，那也不是不可能的。那时这个鸭梨可就不小了。
尽管俘虏中大部份都是穷苦百姓出身，但现在就算是分给他们田地，发给种子让他们耕种，重新在变回百姓，以经是十分困难了。因为在这些百姓以前都属于生存在社会最底层的一批人，县里、乡里、村里、只要是有一点身份地位的人，谁都可以欺负他们，踩上几脚。
但参加了造反之后，一切就都变了，农民军每打下一处地方，当地的富豪、官宦，那怕是皇亲国戚，这些以前高高在上，跟本都不会拿正眼看看百姓们的大人物，也会跪伏在从前自己看不起的百姓的脚下，痛哭流涕，苦苦求饶。生死全都掌握在他们手里，百姓可以享受以前从享受的美酒佳肴，可以抢夺大人物的财尸，**大人物的女人，肆意的报复。而这一切都是造反带给他们的。
在以经偿到了反叛的甜头之后，那怕这种甜头是以生命为代价的，但仍然是有着很强的吸引力。要想让他们再回乡去种地，重过挨饥受冻的那种不死不活的生活，恐怕是难上加难了。说白了就是心玩野了，就难以再收回来了。除非是把李自成和张献忠马上都灭掉，或者对这些俘虏进行一段时间的强制改造，才能彻底的让他们死心塌地的再当农民。不过这样是要花费大量的时间和精力，说句实话，还真就只有把他们全杀光成本最底。
商毅这才能够理解，怪不得洪承畴也好，孙传庭也好，在平叛的时候，都曾经大规模的屠杀过农民军的俘虏，甚致是降卒。这里面确实是有一部份是迫不得已的因素。
但商毅从小所受的教育，和他长大以后形成的人生观都决定了，他不可能釆用全杀光战俘的这种极端手段。如果是对满淸军，或许他还能下得了这个狠心，但农民军和满淸毕竟不同，他们中间的绝大多数都是因为活不下去了，才走上了造反的道路，把他们推上这一步的，是这个社会，这个大明朝廷。
同时商毅还有一个打算，就是想从俘虏中招集一部份补充到商家军的队伍中来，扩大兵源。这种做法在历史上经常可见，汉光武帝刘绣就曾招降过赤眉军，而唐太宗李世民也招收过瓦岗军。因此商毅宁可走一条路更为艰难的道路，那就是强制改造。
强制改造首先就要对俘虏们有震慑力，同时也不是对所有人都效，有一部人过去本身就是无业游民、地痞无赖，甚致是兵痞出身，怎样改造也是改造不好了。
因此商毅首先下令，对受伤的俘虏进行治疗，这也是对俘虏们作出一个姿态，表示商家军不会杀光他们，否则也就没有必要给他们治疗了。
而接下来，就是要把俘虏中的各级军官都找出来，因为能在闯军中出任军官的，基本就是造反心最彻底的一批人，而且他们在俘虏中还有一定的号招力，也是最不稳定的因素，因此必须把他们除掉，不仅是淸除不安定因素,而且也是杀一敬百。而找出军官的办法到也简单，就是让俘虏们互相揭发举报。而且举报者有奖，不仅可以单独关押，不用怕被别人报复，同时将每餐的伙食也从三两饭提升到四两饭。
事实证明，中国人的窝里斗绝对是有历史传统的。这个命令一经颁布，在第一天就有五个俘虏进行了举报，一共举报出七名军官，有一个俘虏就举报了三个人。其中居然还有一个右英武将军，混在俘虏里有几天了，可是一条不小的鱼。
而就在当天，这五个人就被提走，另行关押，但吃饭还是在一起，而其他俘虏也都能看见，这五个人碗里的饭明显比自己的要多。由其是那个举报了三人的俘虏，商毅当看众俘虏的面，将一大块三四两重的肉放在他的碗里。作为特殊奖励。虽然只是一块马肉，但对连续几天都只能吃个半饱的俘虏来说，却丝毫也不亚于一份美食，那名俘虏也吃得津津有味。也看得其他人馋涎欲滴。
有了这五个人的例子，举报活动一下子就变得涌跃了起来，第二天居然有二十七人检举，一共举报出四十二个大小将领，有一个俘虏举报最多，一个人举报了六个。还有两个本身就是头目，居然也跳出来举报别人，结果自己反而被其他人给举报了出来。而被举报出来的闯军将领也知道自已怕是凶多吉少了，因此也不能便宜别人，把一些还没被举报出来的将领也给揪了出来。结果只用了三天的功夫，就举报出了六十三名大小将领。
就在第四天，商毅下令，将这六十三名大小将领，当着所有俘虏的面，全都斩首。也给这些俘虏一个巨大的震慑力。
随后，商毅向俘虏公布了俘虏的纪律，大原则有四条：一是绝对服从命令，不许有任何违抗；二是不许逃跑，老老实实接受劳动改造；三是禁止俘虏之间互相打斗。四是如果在改造期间，表现良好，可以得到一定的奖励，甚致有可能被释放，并分给田地耕种。而其他细则，一共有十三条。
具体的办法是积分制，每个俘虏毎天参加固定的劳动工作，都会得到五分的积分，但饭食都将在积分中扣除，一餐要扣除一分，当然如果想吃肉、喝酒，也能用积分来换取，包括一些生活用品，毛巾、杯子、碗、衣服，床被也都能用积分来换取。如果是商家军安排不用参加劳动工作，毎天也可以获得两分的积分。但如果是因为自己生病，或其他事情请假未能参加劳动，将没有积分，一但积分被扣光了，那就没有饭吃，只能饿死。
另外如果违返规定的纪律，相应都会扣除不等的积分。而如果俘虏有特殊表现，也会获得额外的积分做为奖励。比如这次检举军官，毎举报了一名，就可以获得十分的奖励，那名一口气举报了六名军官的俘虏也就一下子获得了六十分的奖励。同时将俘虏的积分分为五个档次，每个档次都能享受一些不同的优惠侍遇，并且在以后的编组分队，将由积分靠前的人出任组长队长。
而最后一点，也重要的一点就是，如果有人积满了三千分，就可以获得释放，并发给十亩田地耕种。